El Departamento de Educación fue creado en 1976 por el rector Manuel Ayau y un grupo de profesores humanistas, entre los que destacaban Rigoberto Juárez-Paz, Jesús Amurrio y Salvador Aguado-Andreut, quien fuera su primer director. Su objetivo inicial era la formación de profesores de alto nivel que ejercieran una función verdaderamente educativa, como docentes, facilitadores y guías, además de formar personas responsables que comprendieran los beneficios de una sociedad de personas libres, en la cual es posible alcanzar de mejor manera los fines individuales.

La licenciada Siang Aguado de Seidner fue directora del departamento de mayo de 2001 a septiembre de 2020. Siang Aguado de Seidner obtuvo una Licenciatura en Historia en la Universidad de San Carlos de Guatemala. Fue académica numeraria de la Academia de Geografía e Historia de Guatemala y miembro correspondiente de la Real Academia de la Historia de España y de las Academias de Venezuela, Argentina, Uruguay, Puerto Rico y Honduras. En 2007, publicó el libro de ensayos Juego de Espejos. A partir de octubre de 2020, el director es el licenciado Ronald Flores.